Različiti klimatski uslovi u Bosni i Hercegovini su pogodni za iznenađujuće veliku raznovrsnost biljnih vrsta. Preko 50% teritorija zemlje je pokriveno šumom. Bosanske centralne i istočne šume su vrlo slične onima u sjevernoj i centralnoj Evropi.
Hercegovina i zapadna Bosna, gdje se nalazi najveće svjetsko kraško polje, pokrivene su vegetacijom tipičnom za primorske i planinske regije Mediterana, ali sa dosta alpskih šuma.
Dva najveća biljna područja preklapaju se, te ih karakterizira raznolikost koja se susreće samo u tropskim i subtropskim područjima. Vrlo povoljni uslovi su sačuvali neke od vrsta od izumiranja. Ovaj teritorij predstavlja dom za 3700 vrsta biljaka uključujući preko stotinu endemskih vrsta. Visoke aplske livade poznate su po impresivnoj raznolikosti divljeg cvijeća. Najbolje vrijeme da vidite neke od vrsta cvijeća je u kasno proljeće.
U Nacionalnom parku Sutjeska u istočnoj BiH nije neobično vidjeti medvjeda ili vuka. Divokoze su uglavnom koncentrisane u dolini Neretve u Hercegovini, ali ih također ima i Nacionalnom parku Sutjeska i na južnim obroncima planina Bjelašnica i Visočica. Također ćete vidjeti lisice, vidre, kune, risove, jelene, dikobraze, različite vrste zmija i mnoge druge manje životinje nastanjene u netaknutoj prirodi.
Velika je raznolikost ptica, također. Hutovo Blalto je najveći centar za migraciju ptica u jugoistočnoj Evropi. U močvarnim predjelima južne Hercegovine možete vidjeti preko 240 vrsta ptica, mnoge na njihovom putu selidbe između Evrope i Sjeverne Afrike. Čaplja, grčka prepelica, liska, sova, fazan i divlja patka su se trajno nastanile na ovim područjima.
U BiH ribe ima u izobilju. Većina slatkovodnih tokova su bogate pastrkom. Šaran, lipljan i som su također česti u cijeloj BiH.